O Museu de Geociências do Instituto de Geociências da USP, originou-se nos anos 30, por iniciativa do Professor Ettore Onorato, que doou sua coleção particular de minerais para que fossem utilizados como material de apoio em aulas práticas da disciplina “Geologia e Mineralogia” do curso de Ciências Naturais da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras (FFCL) da Universidade de São Paulo. A coleção foi crescendo com a coleta de amostras de campo dos alunos, transformando-se no Museu de Mineralogia. O acervo desenvolveu-se com a aquisição da Coleção Araújo Ferraz (1935) e Luiz Paixão (1954), pelo governo do Estado de São Paulo. Nos anos 60, por iniciativa do Dr. Rui Ribeiro Franco, recebeu a coleção de gemas, consecutivamente, nos anos 70, após o desmembramento do ensino de Geologia da FFCL, o museu foi reformulado, passando então a receber o nome do novo instituto que o abrigaria, Geociências. Desta forma, em 1984, o museu recebeu sua última grande doação, a Coleção Schnyder e em 1992, recebeu a coleção de espeleotemas da Sociedade Brasileira de Espeleologia. Desde então, o acervo do Museu cresce com doações de colecionadores particulares e entusiastas.
O acervo atual do museu, entre fósseis, minerais, rochas, meteoritos, gemas e espeleotemas, conta com 2,5 mil amostras em exposição e cerca de 7 mil na reserva técnica. As principais atrações são: uma réplica de um Alosaurus fragilis em tamanho natural, com 14 metros de comprimento; o Meteorito Itapuranga, sendo o 3º maior do Brasil, com 624 kg, o fóssil de pterossauro Tupandactylus navigans, único exemplar completo do mundo, uma coleção de minerais fluorescentes para serem observados sob luz ultravioleta, além de contar com uma mesa paleontológica, na qual, as crianças podem brincar de paleontólogas e descobrir fósseis em três camadas estratigráficas distintas.
Em 2017 foi inaugurada a exposição “Fósseis do Araripe”, que ocorre como um contraponto da Operação Munique da Polícia Federal, encerrada em 2014, que resgatou cerca de três mil fósseis da Bacia do Araripe rumo ao Aeroporto Internacional de Guarulhos para fins de contrabando internacional e estabeleceu o IGC como Fiel Depositário do material apreendido. Entretanto, uma das exigências do juiz que estabeleceu a USP como depositária do material do Araripe, era que parte do material fosse exposto e ficasse ao alcance da comunidade não científica. A proposta da exposição é mostrar o trabalho de apreensão de fósseis e a riqueza patrimonial do solo brasileiro. Dentre todo o material raro apreendido (que inclui fósseis de insetos, plantas, peixes, aracnídeos), há o único exemplar encontrado inteiro em todo o mundo da espécie de pterossauro Tupandactylus navigans, que preserva inclusive a parte de tecido mole.
Os fósseis encontrados em solo brasileiro são patrimônio da União e, por isso, proibidos de serem comercializados desde 1942. No entanto, a Chapada do Araripe (região que compreende a intersecção dos estados do Piauí, Ceará e Rio Grande do Norte), um dos maiores sítios paleontológicos do mundo, sofre com a questão social do tráfico de fósseis. Há 110 milhões de anos, esta região, no qual situa-se a atual Bacia Sedimentar do Araripe, foi um mar raso, onde viviam muitas espécies de animais e plantas do bioma marinho.
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