A implantação do Museu e Aquário do Instituto Oceanográfico da USP, em meados de 1988, tinha como objetivo criar um “elo de ligação” entre a comunidade científica da instituição e a comunidade como um todo. Uma comissão designada na época pelo então Diretor Prof. José Guimarães Ferri, era constituída pelos professores Doutores do IOUSP, Sérgio Araújo Antunes, Motanaga Iway, Phan Van Ngan, o Professor Pedro Federzzoni Jr., Diretor do Museu Biológico do Instituto Butantã na época, o Sr. José Eduardo das Neves, Assistente Técnico de Apoio Logístico do IOUSP e a Dra. Helcy Lylian Nogueira Silbiger, Médica Veterinária contratada naquele ano para chefiar o Serviço de Museu e Aquário do IOUSP. No mesmo ano abriu-se um concurso para técnico no Museu, onde o Sr. Sérgio Teixeira de Castro foi contratado para iniciar a implantação deste novo serviço juntamente com a Dra. Helcy.
Aberto ao público em 1988, o antigo Museu e Aquário do Instituto Oceanográfico assumiu sua identidade atual em 1992, mantendo seu objetivo inicial de dar apoio às atividades de ensino, pesquisa e extensão de serviços à comunidade, difundindo a ciência oceanográfica e as pesquisas desenvolvidas pelo Instituto Oceanográfico na USP. A exposição permanente que forma seu acervo é dividida em módulos que evidenciam a dinâmica, a estrutura e a biodiversidade dos oceanos. No museu, o visitante pode obter informações sobre embarcações usadas pelo Instituto Oceanográfico em pesquisas, como a primeira embarcação utilizada na região de Cananéia e Iguape, o Camburiú. Conta ainda com vários instrumentos oceanográficos, aquários marinhos de pequeno e médio porte, onde podem ser observadas as diferentes formas de locomoção, modos de vida, relações entre as espécies, animais preservados, como o esqueleto de uma baleia de Bryde, painéis com informações sobre oceanografia e seus diferentes temas, além da Science on a Sphere, equipamento de projeção do NOAA/NASA adquirido pelo IOUSP em junho de 2012 (o primeiro instalado no hemisfério sul), onde se pode observar imagens e vídeos de diversas categorias como ciências oceânicas, ciências atmosféricas e astronomia.
O museu oferece também visitas monitoradas e exposição itinerante (Expo-Antártica) – que atualmente pode ser emprestada para locais externos – empréstimo de material biológico, loja de souvenires, além de outros eventos.
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